灘教会は、１９０８年米国南長老教会Ｓ・Ｐ・フルトン宣教師によって開かれた南講義所をその始まりとしています。その前年１９０７年には、神戸神学校（のちの中央神学校）を開校し、校長を務めていました。

１９１１年南講義所は二宮伝道所となり、１９２１年には日本基督二宮伝道教会となり、１９２６年現在の灘区上野通りに会堂を新築し、「日本基督灘教会」の看板を掲げました。

１９３３年岡田稔牧師は灘教会を設立し、戦中戦後の困難な時期、純正なキリスト教を守るために戦いました。１９４６年灘教会は、「日本基督改革派教会」の創立に加わりました。

１９４７年会堂内に神戸改革派神学校を開校し、１９５０年予科は四国基督教学園（現在の四国学院）へ、本科は灘区高羽寿の新校舎へ移転しました。

灘教会は今年（２００８年）、伝道開始１００年を迎えます。会堂の大規模改修をはじめ多くの記念事業に会員一同心を一つにして取り組んでいます。

日本基督改革派灘教会は次の牧師によって礼拝を守ってきました。

 岡田　稔　１９４５～１９５２

渡辺公平　１９５２～１９５５

橋本龍三　１９５６～１９９６

宮崎彌男　１９９６～２００２

西　 牧夫　２００４～

１９２８年　灘教会教会建設式